Internship (and more) in Pacific Grove, CA

Surf in Seaside

2008-06-20T16:38:00.000-07:00

Wala ma première matinée de surf à Seaside, près de Pacific Grove. Le temps était superbe, mais relativement peu de vagues aujourd'hui. Mais c'est parfait pour commencer les petites vagues ! Je suis donc parti avec copain John (le contrebassiste avec qui on joue du Gypsy Jazz you know ?) qui m'a gentiment prêté combinaison et planche.
J'ai réussit à prendre une vague debout sur la planche ! Eh oui c'est une première. C'est très sympa comme sensation d'ailleurs... Wala qques photos. Il faudra que je teste les eaux de Los Angeles (beaucoup plus chaudes, et pas de requins, d'ailleurs un gars est mort pendant notre session surf... just kidding !)

Recipes from the USA

2008-06-17T23:09:00.000-07:00

On a beau critiquer la nourriture américaine, leur répertoire culinaire contient quelques perles dont je vais vous en dévoiler certaines.

On commence avec les fameux pancakes. Voici la liste des ingrédients:
125 de farine
3/4 de cuillère à café de levure chimique (ou bicarbonate de soude sinon, c'est ce que j'utilise ici)
2 cuillères à soupe de miel (ou de sucre)
240mL de lait ribot (spécialité bretonne, le lait est plus épais, ici on parle de buttermilk; à défaut utilisez 200mL de lait entier avec le jus d'un demi citron)
1 oeuf
1 pincée de sel
1 cuillère à soupe d'huile

Mélangez tout et faites cuire comme les crêpes, mais bien sûr on obtient quelque chose de plus épais.

Ensuite je vous propose les muffins au myrtilles.
200g de farine
60g de sucre
2 cuillères à soupe de levure chimique
1 pincée de sel
1 oeuf battu
190mL de lait
60mL d'huile
100g de myrtilles

Préchauffez le four à 200°C.
Mélangez farine, levure, sucre et sel.
Mélangez d'autre part l'oeuf, l'huile et le lait.
Mélangez le liquide à la farine, de manière assez rapide. Surtout ne pas travailler la pâte pour obtenir un truc lisse, mélangez vite et grossièrement: les muffins seront ainsi gonflés et moelleux.
Disposez des moules à muffins en papier dans un moule à muffins en métal (ou silicone ou je sais pas ce qu'on fait de nos jours...) puis remplissez les à ras bord. Enfournez jusqu'à ce que les muffins commencent à dorer sur le dessus (vérifiez la cuisson à l'intérieur avec un couteau).
Ne les faites pas trop cuire sinon ils seront secs.
Variante (photo): remplacez les myrtilles par deux bananes très mûres (presques pourries, elles doivent être toute noires sinon ça aura pas de goût) et ne mettez que 125mL de lait. Râpez également de la noix de muscade.

Je possède également une excellente recette de brownie (le vraie brownie... mmm) ainsi qu'une recette de cheesecake (mon coloc a dit "hum it's very tasty") mais il faudra attendre que je revienne pour les goûter héhé !

@plouche

Fin du stage !

2008-06-13T22:21:00.001-07:00

Ouf j'ai fini mon stage ! Enfin je veux dire que j'ai rendu mon rapport et que j'ai passé mon oral. Je dois dire que j'en ai bavé à la fin, 13h par jours tous les jours au labo, puis 24h d'affilées à bosser sur le rapport dimanche pour le rendre le lendemain...
Bon maintenant c'est fini, c'est tranquillou, on feuillette Nature, Cell ou Science comme on lirait Voici aux toilettes... lol
Je reste encore une semaine au labo, essayer de confirmer par des manips plus propres ce que j'ai pu mettre en évidence. D'ailleurs mes résultats ne sont pas piqués des hannetons ! Ecoutez plutôt...

J'ai donc travaillé sur l'histocompatibilité (étymologiquement: compatibilité entre les tissus, tissus au sens biologique du terme) pendant mon stage, ce qui fait qu'un l'organisme reconnaît ses constituants (cellules, molécules diverses...) comme étant les siennes et non un corps étranger, et vice versa un corps étranger comme différent du sien. C'est le système immunitaire qui se charge de ces mécanismes, responsables par exemple du rejet de greffe chez l'humain. En revanche je n'ai pas étudié l'humain, mais rappelez vous le nom de cette bestiole... Botryllus schlosseri.
L'histocompatibilité chez B. schlosseri est un processus naturel car lorsque deux individus se rencontrent ils peuvent fusionner et partager leur système vasculaire (deux coeurs qui battent ensemble, n'est-ce pas beau ?). Je précise "processus naturel" car bien que l'humain possède un système d'histocompatibilité, la greffe n'intervient pas naturellement, on peut donc se demander d'où vient ce mécanisme... Il s'agirait d'une acquisition ancestrale, peut être héritée de l'ancêtre commun avec Botryllus schlosseri. Là où intervient la notion d'histocompatibilité est que cette fusion est restreinte à certains génotypes (si vous vous rappelez, deux individus doivent partager au moins un allèle du gène FuHC pour se reconnaître, une situation qui rappelle le "missing-self" pour les cellules Natural Killer humaines). J'ai étudié le récepteur de la protéine FuHC, qui s'appelle Fester.
Bon corsons les choses, comment est-ce qu'un individu fait-il la différence entre un autre individu compatible et un individu compatible ? Si cette compatibilité est sous le contrôle des gènes, il faut que ces gènes puissent se diversifier, afin que chaque individu (ou presque) possède une version du gène (un allèle) différente. En ce qui concerne les Natural Killers, ces gènes sont diversifiés parce qu'ils sont nombreux, ils se sont multipliés au cours de l'évolution et chaque individu possède un lot différent de gènes. Encore chez l'humain, le BCR (immunoglobuline) et TCR (T cell receptor) se diversifient par recombinaison somatique, une sorte de jeu de légo sur le patrimoine génétique de la cellule, si bien que chaque cellule possède sa propre version du gène.
Qu'en est il chez B. schlosseri ? En ce qui concerne le gène FuHC, chaque individu (ou presque) possède une version différente du gène (il possède un allèle différent), voilà comment définir le "soi". Pour fester la situation est différente: pas de recombinaison somatique (B. schlosseri ne possède pas les enzymes pour effectuer la recombinaison somatique, elles n'ont été acquises que plus tard dans l'évolution), et le gène est unique (pas comme chez les Natural Killers). De plus deux individus qui se rejètent peuvent partager le même allèle de fester !
Accrochez-vous, la diversification de fester se fait par... épissage alternatif ! Chaque individu exprime un répertoire spécifique de variants d'épissage alternatif. C'est inédit pour une récepteur d'histocompatibilité, bien que cela soit connu (mais néamoins récent) pour un gène de la drosophile (dscam). Cela pose une question importante, comment est-ce qu'un individu peut-il vérouiller ce répertoire tout au long de sa vie ?? C'est un mécanisme totalement inédit, et inexplicable à la lumière des connaissances actuelles, du moins d'après ce que je sais.

Bon après avoir largué les non biologistes (difficile de vulgariser un sujet tel...), je vais juste vous dire que je pars en road trip la semaine prochaine, je vais louer une voiture et faire le tour de la Californie. Pour les destinations, checkez mon blog ce sera la surprise (au moins pour certains d'entre vous, mais rien ne dit que je ne vais pas changer mon itinéraire héhé).

Bulldog pub

2008-05-25T11:42:00.000-07:00

Wala une photo d'une soirée qu'on a passé dans un pub de Monterey: le Bulldog. L'ambiance est sympa, les hamburgers bons, on y passe un bon moment !

Monterey Bay Aquarium

2008-05-21T21:21:00.000-07:00

Hey all, je suis allé visiter l'aquarium de Monterey ! On en a dit tellement de bien, puis il est juste à côté du labo, et finalement j'ai l'entrée gratuite donc autant en profiter...

A l'entrée du l'aquarium on peut voir une galerie consacrée à la Monterey Canning Company. Cette entreprise mettait en boîte des quantités astronomiques de sardines pendant la première moitié du 20e siècle. L'industrie était monstrueuse. Elle reposait sur nombre d'avancées techniques, comme d'immenses four pour cuire et stériliser les boites de sardines par exemple. Le technicien chargé de faire fonctionner le four travaillait plus de 14h par jour à un rythme insoutenable, le four requérant une attention permanente. Des vidéos montraient le poisson défiler à une vitesse vertigineuse, être trié, processé, emboîté par les ouvriers semblables à des machines. Si je me souviens bien, la quantité de poisson pêchée et mise en boîte a culminé à 2 millions de tonnes par an dans les années 30. La seconde guerre mondiale a participé au succés économique de cette entreprise, la pêche ayant était quasiment abandonnée par les pays engagés dans le conflit. La Nature a rapidement montré à l'être humain avide que cette pratique n'était pas durable. En 20 ans de pêche intensive il n'y avait plus de sardines à pêcher... Et dire que peu de temps auparavant, des colons chinois avaient installé un village sur les rochers de la côte, entre Monterey et Pacific Grove, à l'emplacement même de Hopkins Marine Station comme l'attestent les photos en noir et blanc que l'on peut voir dans certains bâtiments de la station. Ils vivaient d'une pêche artisanale et traditionnelle: rude métier. Comme vous avez pu le lire dans un précédent post, le village a été brûlé jusqu'à ras de terre par les occidentaux de la région. Sans doute que l'installation de la Canning Co a joué un rôle dans cette tragédie... J'étais dégoûté en visitant cette partie de l'aquarium, et encore plus dégoûté de voir que la galerie était déserte. Cela n'intéressait personne. Il faut dire qu'il y avait beaucoup de panneaux à lire expliquant la situation, certainement trop fatiguant pour le citoyen moyen... Tant que l'on a de quoi manger, peut importe d'où et comment ça vient.

L'aquarium était assez sympathique, mais un peu trop bruyant. Ah les gosses... :o)
J'ai surtout retenu un aquarium d'environ 10m de haut avec des giant kelp (Macrocystis, une algue brune), un autre aquarium avec des requins marteau, des thons (absolument énormes! ça ne m'étonnait plus que ce genre de bestiole puisse peser 500kg) et la pièce de vitre la plus grande du monde paraît-il... La partie sur les méduses étaient assez chouette, plus calme. Certaines petits Cnidaires battaient des cils pour se mouvoir dans l'eau, et cela dispersait la lumière en toutes les nuances de l'arc en ciel... Ensuite il y avait une partie sur les loutres. Je me demande combien de fois j'ai entendu "so cuuuute!"... Si elles voyaient leurs dents elles changeraientt d'avis...

Back to San Francisco

2008-05-11T23:06:00.000-07:00

Hey, le week end dernier Dream Theater et Opeth passaient à Oakland, au Paramount Theater, et je ne pouvais pas manquer ça. J'ai logé à la même auberge de jeunesse que la dernière fois, à Union Square. Cette auberge est vraiment géniale: les gens sont sympas, c'est pas cher, c'est propre, et il y a toujours un bon film qui passe à la télé dans le salon. En plus elle est bien placée, car Union Square est au centre de Downtown, et plein de trucs super sont à proximité: Jack in the Box (my favorite fast food so forth today, le pain ressemble vraiment à du pain), le Biscuits and Blues (un super bar), un restaurant où l'on sert des breakfasts succulents...

Donc cette fois ci j'ai pris le Monterey-Salinas Transit bus, et le Caltrain, c'est une heure plus long mais c'est plus de deux fois moins cher (31euros aller-retour Monterey-San Francisco). Je suis arrivé vendredi soir, et j'ai passé la soirée dans ce fameux Biscuits and Blues. Le groupe avait déjà commencé de jouer, du bon vieux rock and roll avec piano, contrebasse, des saxophones, une nana à la guitare et une batterie. Ils jouaient très bien, le son était très bon. Malheureusement, le groupe s'arrête de jouer après une chanson. Zut j'ai claqué 20 euros pour écouter une seule chanson ? Non heureusement c'était juste le premier set de la soirée... Hop je commande un Manhattan (excellent d'ailleurs, en plus ils savent faire les cocktails ici! c'est vraiment parfait) et j'attends la suite. Le show était décoiffant, chaque instrumentiste était une vraie bête, la nana à la guitare se payait le luxe de faire des solos avec la guitare derrière la tête...

Le lendemain, j'avais décidé de visiter le Musée d'Art Moderne. C'était pas très loin de l'auberge non plus, j'ai fait le chemin à pied. L'entrée est pas chère, 7 euros pour les étudiants, et en plus il n'y avait personne! Etant donné la renommée du musée il faut souvent faire la queue pour y entrer... Entre peintures, sculptures et photographies, je suis tombé sur beaucoup d'oeuvres françaises: "Matisse avec la femme au chapeau", Magritte avec les "valeurs personnelles"... On a assez vite fait le tour du musée, le temps d'une demi journée, mais les expositions changent constamment.

Le soir approchant, il était temps d'aller à ce fameux concert. Direction Oakland donc, avec le BART (bay area rapid transit). Fidèle à moi-même j'ai réussit à arriver avec 40 min de retard et j'ai raté le premier groupe. Bon c'est pas grave il reste encore 3 groupes. Je m'installe devant, sans trop d'illusions, mais on verra bien: on est dans un théâtre, les places sont numérotées et j'avais une place de merde tout au fond. Le groupe suivant était inaudible, le son beaucoup trop fort et on ne comprenait rien! Je me disais qu'avec le calibre des groupes suivants ça irait mieux, eh bien en fait pas du tout. Autant Opeth que Dream Theater. Je me demande vraiment ce qui ne va pas avec les ingénieurs du son de nos jours, ils doivent vraiment être sourds ! La dernière fois que j'ai entendu un gros concert avec un bon son ça remonte à loin... Par chance il y avait une place vide tout devant, je l'ai donc squattée car les vigiles ne laissaient personne trainer dans les allées (vraiment pourri un concert dans un théâtre...). Donc wala un concert décevant...

Le jour suivant pas trop le temps de flâner, juste le temps d'aller voir la mission Dolores. Puis il était temps de choper le train...

Mon ami l'écureuil

2008-04-18T23:46:00.000-07:00

Les animaux ne sont pas farouches ici, mais cet écureuil apprécie le contact humain ! Regardez plutôt... Un jour il s'est incrusté à notre lunch, on lui a donné du pain pita (il a tout gardé dans ses babines, pas fou le bougre). Oui, nous avons trouvé le pauvre animal en train de manger des fleurs!
Plus tard, un écureuil s'incruste dans le labo: serait-ce le même ? On a essayé de le congeler dans l'azote liquide pour extraire ses ARN mais il se laisse pas facilement attraper...
Il s'agit d'un "ground squirrel", non pas qu'il soit broyé (ici ce n'est pas le participe passé de grind), mais il préfère la terre ferme aux élucubrations arboricoles.

If you're back from San Francisco...

2008-04-18T23:42:00.000-07:00

Je sais pas ce qu'il s'est passé à San Francisco, mais je me sens changé depuis le week end dernier...

Historical updates

2008-04-18T15:16:00.000-07:00

Hey, quelques nouveautes a propos de l'histoire de la Californie. Si vous voulez en savoir un peu plus sur l'histoire des Indiens, visitez cette page.
Apprendre l'histoire pour s'indigner en connaissance de cause...

If you're goin' to San Fransisco...

2008-04-10T23:46:00.000-07:00

San Francisco, la ville aux quarante collines, épicentre de la contre culture dans les années 60, porte d'entrée pour la Californie lors de la ruée vers l'or, il y a presque deux siècles...

Je suis arrivé a San Francisco vendredi en fin d'après-midi. J'ai chopé le BART (bay area rapid transit) pour arriver à quelques pas de l'auberge de jeunesse où je logeais. Je vous la recommande ! Il s'agit du Adelaide Hostel, dans Isidora Duncan Lane dans le quartier Union Square. La chambre en "mixed dorm" (une dizaine de lits dans la chambre) n'est pas chère (27$ la nuit), il y a un accès libre à Internet (mais alors faut faire la queue ou arriver à la bonne heure), un petit déjeuner à volonté et inclus dans le prix, une cuisine, des salons, une télévision, etc. En somme c'est très confortable et bien placé ! Le seul truc avec les mixed dorms c'est qu'on se réveille assez souvent dans la nuit quand quelqu'un rentre tard... Mais bon avec des ear plugs ou un bon gros coussin sur la tête on s'en sort !
J'ai donc déposé mes affaires, puis j'ai filé pour assister à une visite guidée sur le thème du paranormal dans le quartier de Pacific Heights. Mais comme je commençais à avoir pas mal la dalle je suis d'abord allé à Japan Town (non pas Chinatown) pour manger des sushis. Juste le temps de les avaler et la visite commençait. C'était pas mal, par contre le guide parlait assez vite, donc c'était pas aisé de tout piger... J'ai pas compris toutes les histoires de fantômes, mais j'ai retenu que les maisons style victorien dans le quartier se négocient entre 1 et 3 millions de dollars. Et dire qu'à l'époque où elles ont été construites (entre milieu et fin du 19e) elles se vendaient pour 3500$...
La visite terminée je suis rentré à l'auberge puis je me suis couché, la journée du lendemain allait être longue... Et elle l'a été ! J'ai du marcher au moins 25 kilomètres dans la journée. J'ai commencé par Chinatown, en passant par Union Square. Chinatown abrite la plus grande communauté chinoise d'Amérique (100 000 personnes): une vraie petite ville dans la ville ! Le portique qui marque l'entrée de Chinatown a été offert par la République de Chine en 1969. Bizarre, je n'ai croisé aucun adolescent chinois ! Peut être attendent ils la nuit pour sortir faire la fête... Le soir je suis retourné à Chinatown pour trouver un restaurant, j'ai donc demandé conseil aux passants. C'est à peine s'ils parlent anglais ! Surtout les plus vieux... J'ai donc choisi un restaurant plus ou moins au hasard... J'y retournerai pas ! L'accueil était glacial et la cuisine tellement épicée que j'ai sué pendant tout le repas. Pas moyen de se rafraîchir, la seule boisson que l'on m'a servi était un thé brûlant...
Vers midi, je me suis dirigé plus au Nord vers les quartiers de Telegraph Hill et North Beach. Telegraph Hill est un quartier très charmant ! Si je devais habiter à San Francisco ce serait là ! Je suis passé par la Coit Tower, si haute qu'elle semble atteindre le septième ciel... Non en fait elle mesure 64m de haut.
Je suis ensuite redescendu vers l'Ouest en suivant Lombard Street. Cette rue est mondialement célèbre pour être la "crookedest street in the world". En fait c'est juste sur une petite partie. A partir de là j'ai attrapé le Cable Car pour rejoindre Fisherman's Wharf, afin de manger un morceau. Tiens, un In'n'Out: l'occasion de tester ce fameux fast food vanté par les autochtones. Oké tout ce qu'ils servent ici est "organic" (comprenez "bio", même si les règles sont moins strictes ici), oké les french fries sont fraîchement faites sur place (un gars dans le fond coupait les pommes de terre en frites). Bon ben le résultats est assez proche de ce que l'on peut avoir chez Mac Donald's en fait. Ici ans les fast food on se sert soi-même sa boisson, on peut donc se taper 2L de soda si l'on en a envie. Je me contente d'un Diet Coke medium... J'ai mangé sur une plage au bord de la baie, des gens se baignaient ! C'est noté, demain je prends mon maillot !
Je me suis ensuite dirigé vers le quartier de Haight Ashbury, berceau de la contre culture dans les années 60. Pas grand chose à voir, à part des magasins de fringues bizarres et d'autres où l'on peut acheter les bangs (pipes à eau) les plus farfelus... Je suis donc allé au bout de Height Street pour rejoindre le Golden Gate Park. Sympatoche, mais j'ai trouvé le jardin botanique fermé... Le parc est plein de "hippies modernes" (en gros ce que l'on peut trouver dans les festivals en France) qui, lorsque vous passez près d'eux, vous demandent: "bugs?" Des insectes ? Non merci! C'est pas que j'aime pas ça, mais je préfère être sûr de la provenance...
Ensuite je suis retourné du côté de North Beach pour essayer de trouver ce fameux spot mondialement connu des skaters dont on m'avait entre temps révélé l'emplacement: Hubba's Hideout. Après avoir tourné un peu en rond, j'ai fini par le trouver. Ben en fait tout est fait pour empêcher les skaters de s'y amuser, on a collé partout des petites cubes.
Le soir approchant, je suis allé manger à Chinatown avec le résultat que vous connaissez.
Après manger, je suis retourné à l'auberge prendre une douche et me changer. Il faut dire que même si cette journée a été particulièrement chaude (Il a fait 24°C! c'est ce qu'on peut avoir de plus chaud dans l'année, et c'est 6°C au dessus des normales saisonnières! D'ailleurs Mark Twain a dit un jour:"L'hiver le plus froid que j'ai connu était un été à San Francisco"), les soirées sont plutôt fraiches, j'ai donc troqué mon short contre un pantalon. Je suis allé au Boom Boom Boom, le bar créé par John Lee Hooker. On m'a dit qu'il s'agissait d'un des meilleurs endroits pour écouter du blues live. Je me présente à l'entrée, je lâche 18 $ (eh oui faut payer le groupe qui joue), chope une bière au bar, et me poste au plus près de la scène. Le groupe était nul à chier... Le guitariste devait penser qu'il suffisait d'être Noir et d'avoir une Stratocaster pour jouer du Jimi Hendrix... Ah bonne nouvelle un autre groupe ne devrait pas tarder à prendre leur place. Rideau... Le rideau s'ouvre sur le même groupe... Mais surprise ! Un chanteur s'est ajouté au line up précédent. Déjà ça sonne mieux, c'est un peu reggae, le guitariste n'a plus qu'à jouer les accords en contre temps, ça lui convient parfaitement, il nous fait juste grincer les oreilles pendant les solos. Malheureusement la mise en place n'est toujours pas là, ils ont même recommencé un morceau 4 fois... Je me suis vite barré, histoire de pas rater le dernier bus. En attendant le bus j'ai discuté avec un gars qui semblait avoir besoin de parler, et qui avait visiblement trop bu... Mais il est resté cool ! En même temps je ne lui ai pas laissé le choix... :o)
Le lendemain j'avais prévu de faire encore plein de choses, il fallait que j'aille au Museum of Modern Art, que je retourne au jardin botanique, que j'aille au Golden Gate Bridge... En fait je me suis levé assez tard, donc j'ai traversé le Golden Gate Bridge vers midi, avant de retourner près de Fisherman's Wharf pour prendre un bain. L'eau n'était en fait pas très chaude, dans les 12°C... Donc je me suis juste mouillé... De retour sur la plage, j'avais hâte de me sécher, mais ARG j'avais oublié ma serviette à l'hôtel... J'ai eu juste le temps de retourner à l'auberge chercher ma serviette puis il était temps de retourner à l'aéroport pour prendre la navette (le Monterey Air Bus en fait).
Et wala j'ai quitté San Francisco avec regret, mais en me promettant d'y retourner bientôt. D'ailleurs j'ai une place pour le festival Progressive Nation en mai (Dream Theater, Opeth). Comme disait l'autre "Dire au revoir San Francisco revient à se séparer d'un vieil ami" @bientoche San Francisco !

PS: désolé pour la mise en page bordélique ! Les photos sont dans l'ordre inverse de leur prise, donc le début avec Japan Town est en bas.

What the F*%! is SPAM ?

2008-04-09T22:13:00.001-07:00

J'ai reçu récemment un mail d'une consoeur qui apprenait le language "Python" pour la programmation informatique. Elle m'a renseigné sur l'origine du mot SPAM...
En fait SPAM voudrait dire SPiced hAM (ou Shoulder of Pork And haM?). Je vous conseille d'aller visiter leur site ouaib, il est aussi marrant que le goût du SPAM est révulsant.
Le lien avec Python ? Eh bien en fait dans un sketch des Monty Pythons (http://www.youtube.com/watch?v=anwy2MPT5RE) il est fait un usage récurrent du mot SPAM, d'où spam ou pourriel en bon vieux français, un envoi massif et lourdingue de mails (comme la récurrence du mot SPAM dans le sketch est lourdingue, d'où l'effet comique). Les sales geeks qui ont rédigé le manuel du language Python, étant fans des Monty Pythons, ont systématiquement pris comme exemple SPAM quand il s'agit de rédiger une chaîne de caractères.

Au labo

2008-03-28T22:06:00.001-07:00

Bon il est temps de parler un peu de ce que je fais au labo ! Pour l'instant j'étudie la variation au cours du cycle de reproduction asexuée l'expression des gènes impliquées dans l'alloreconnaissance. A la loupe binoculaire (voir photo), on peut identifier en gros 7 stades. J'identifie donc ces stades et je procède alors à l'extraction des acides ribonucléiques (ARN) en vue de la reverse-transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR, technique permettant de quantifier le niveau d'expression d'un gène). Je commence par congeler les bestioles dans l'azote liquide (-96°C) puis j'extrais les ARN. Je vous passe les détails ! Sur les photos je suis en train de prendre les bestioles en photo (belle mise en abîme...).
Wala pas grand chose à dire en fait, à part que je commence connaître le développement de ces bestioles par coeur, à force de les scruter à la recherche du bourgeon secondaire... Aller je vous explique la vie de Botryllus! Les ascidies sont parmi les rares Chordés (les seuls? zut j'ai laissé les articles au labo au moment où j'écris ces lignes) à posséder une reproduction asexuée, c'est-à-dire qu'un individu produit une descendance sans le recours d'un partenaire sexuel (donc pas de gamètes, pas de fécondation, etc). Le rejeton est donc un clone du vieux !Botryllus schlosseri (voir couverture du Immunity à droite) forme des regroupements en forme d'étoile (d'où schlosseri) ou de fleur (au choix!) qui sont appelés systèmes. Chaque pétale (appelé zooïde) d'un système est un individu composé d'un tube digestif, d'un coeur, d'un système nerveux, de gonades (car Botryllus possède aussi une reproduction sexuée) etc. Les zooïdes sont des individus génétiquement identiques qui dérivent d'une larve par reproduction asexuée. Au cours du cycle hebdomadaire, des bourgeons se développent sur les côtés des zooïdes. Ces bourgeons sont les produits de la reproduction asexuée. Au bout de quelques jours, des bourgeons secondaires apparaissent sur les bourgeons primaires. Au bout de 7 jours, les zooïdes meurent et les bourgeons primaires prennent la place des zooïdes, les bourgeons secondaires celle des bourgeons primaires, et le cycle recommence. Ce qui est impressionnant chez Botryllus c'est que le système vasculaire peut fonctionner à rebours, c'est àd dire que les battements du coeur changent de sens, et le "sang" circule alors en sens inverse. Je pense que c'est très important car à la périphérie du système, les vaisseaux forment des ampoules (lieu de l'alloreconnaissance en fait...) et cette inversion de sens de circulation permet de recycler le fluide qui les remplit.
La prochaine fois je vous montrerai des photos de Botryllus schlosseri.

Randonnée à Big Sur

2008-03-26T21:19:00.000-07:00

Ce week end pas de soccer (ici foutbol désigne ce sport de brute ou l'on doit jouer avec un casque et un ballon de rugby avec des lacets) mais plutôt une radonnée du côté de Big Sur, dans la Los Padres National Forest. Nous sommes parti samedi matin vers 10h avec deux amis du labo: Uli qui vient d'Allemagne et Stefano qui vient d'Italie. Le temps de faire quelques courses nous sommes arrivés au départ de la randonnée à midi. Nous avions prévu de dormir là-bas, car la randonnée fait 10 miles de long. La route pour atteindre Big Sur longe la côte, nous avons pu admirer de sublimes plages et falaises. Premier défi: trouver une place de parking, car les randonnées dans le coin sont très prisées ! Finalement on a réussit à trouver Dieu sait comment... Nous avons donc entamé la randonnée, chargés comme des mulets (mon sac devait faire dans les 20 kilos). Le parcours commençait fort ! C'était très pentu, et il faisait assez chaud et sec. On a pas fait beaucoup de pauses, on a donc avalé la randonnée en 4h30. La randonnée traverse une forêt de Redwoods, des arbres immenses au bois très rouge. L'arrivée se trouve au bord d'une rivière, avec des berges idéales pour le camping sauvage. C'était assez acrobatique à certains moments. Deuxième défi: trouver une coin pour poser sa tente ! Eh oui beaucoup de voitures, beaucoupe de randonneurs, donc peu de place... Il devait y avoir en gros une dizaine de bivouac dans les environs. On a alors fait un petit feu pour préparer la nourriture et se réchauffer d'une fin d'après midi qui se rafraichissait. Je ne vous l'ai pas encore dit, mais le lieu accueille des sources chaudes... Mmmm... Mais il fallait presque prendre un ticket, évidemment elles étaient squattées en permanence. On a donc passé tranquillement la soirée au bord du feu, en attendant que la fatigue emporte la plupart des patates qui se prélassaient dans le bouillon. "Eh, the hot-tub looks empty, let's go!" Stefano n'était pas d'attaque, moi et Uli sommes donc allé dans la "baignoire" sans lui. En fait la source était canalisée vers une sorte de baignoire aménagée au bord de la rivière (Margot, Margot). Une source se trouvait juste de l'autre côté de la rivière en face de notre campement. Il fallait alors faire un choix: allions-nous emprunter la voie sèche en passant sur le tronc d'arbre qui traversait la rivière un peu en amont, ou allions-nous traverser la rivière ? Comme nous sommes malins, nous n'avions pas emporté de lampe torche avec nous. Nous avons alors décidé de traverser la rivière armé de nos téléphones portables. Ca éclairait très bien en fait. Nous avons donc laissé nos vêtements sur la rive puis avons entamé la traversée. Brrr c'est froid ! Hop un trou inattendu et me voilà avec l'eau jusqu'au nombril. Gloup ! Au moins ça retend l'épiderme... Après avoir niqué un ou deux orteils sur des rochers, nous nous sommes jetés dans la source chaude. Ca sentait un peu l'oeuf pourri... Sulfure d'hydrogène ? On aura toujours la traversée retour pour se rincer... Le cadre était superbe, en pleine nuit dans une source chaud au bord d'une rivière de montagne, le firmament étincelant entre les arbres, au-dessus de nos têtes... Il ne manquait plus qu'une coupe de champagne ! La fatigue de l'aller se faisant sentir, il était temps d'aller se coucher.
Au petit matin, juste le temps de piquer une petite tête dans la source et il était temps de partir. Le retour était tout aussi difficile que l'aller, et nous a pris autant de temps, bien que cette fois-ci la dénivelée était dans le sens de la descente. En rentrant nous nous sommes arrêtés dans un restaurant mexicain, j'ai pris un burrito quel délice ! En rentrant à la maison quel plaisir de retrouver mon matelas pneumatique ! J'avais pas de tapis de sol pour le camping...

Premières impressions sur la nourriture

2008-03-15T15:23:00.001-07:00

On entend de tout sur la nourriture aux Etats Unis, et en particulier qu'elle est dégueulasse. Comme pour tout, il est difficile de généraliser. Ce que l'on peut dire, c'est qu'elle est chère. Mais du fait de l'appréciation de l'euro, la différence tend à se réduire. Comptez 2$ pour une livre de légumes, soit environ un demi kilo. Sinon on en a pour son argent car ils sont en général très bons. Par contre je ne comprends pas leur prix excessif, vu que la plupart sont cultivés aux Etats-Unis, souvent en Californie. On tombe parfois sur des monstres, par exemple des pamplemousses gros comme des ballons de volleyball...
Il y a également une obsession avec le sel, donc impossible de ne pas mettre la teneur en sel dans l'analyse nutritionnelle. On voit même des chips avec une teneur en sel (très) réduite, du coup on a l'impression de manger un beignet trop cuit. Il est impossible de trouver du lait "normal", c'est-à-dire que c'est toujours enrichi en telle vitamine, réduit en matière grasse, etc. Vous voulez faire une mousse au chocolat ? Battez-vous pour trouver du chocolat à cuisiner en tablette ! Du coup je suis en train de développer une recette à base de chocolat en poudre, work
in progress... En fait j'ai l'impression que l'on ne cuisine pas beaucoup en général, ici. Les patisseries se réalisent le plus souvent à partir de mix déjà fait auxquels il faut ajouter de l'eau (voire ne rien ajouter du tout ! mettez ça au four et c'est parti), et les plats préparés sont presque la règle.
La semaine dernière j'ai mangé un poulet rôti, laissez moi vous raconter ça. Déjà c'était un monstre, un blanc était équivalent à deux blancs comme on en trouve en France. De plus, la chair avait un goût sucré... Bizarre !
Quelques images pour apporter un peu de couleur à ce post: admirez moi les tomates en boîtes 6 en 1 ! "Mais qu'est-ce qu'il peut bien avoir là-dedans ?" Ben en fait juste des tomates et du sel, c'était juste pour faire fuir le client, ou lui faire croire que c'est de la lessive. Ensuite vient le "SPAM". Ce que c'est ? Un espèce de jambon apparemment... Il paraît que c'est très connu par ici, du moins chez les jeunes. Du moment que ça arrive pas dans ma boîte aux lettres je suis content...
Bon après avoir tout dénigrer, je vais finir sur une note plus optimiste! Le beurre de soja (comme le beurre de cacahuète mais fait à partir de soja) est ma passion! C'est très bon, c'est comme une pâte à tartiner. En plus c'est beaucoup moins gras que le beurre de cacahuète (environ 30% de matière grasse, soit autant que du chocolat noir).

Shit happens... Sometimes...

2008-03-15T15:13:00.000-07:00

Ce qui suit sort du Monterey Herald. Un garçon de 10 ans vient de sortir de l'hôpital, poussant sur les roues de son fauteuil, car il est paraplégique. Il y a deux mois, alors qu'il prenait sa leçon de piano, un homme armé cambriolait une station service en face de l'école de musique et tira un coup de feu. La balle traversa la rue, le mur de l'école, et vint se loger dans le flanc du jeune garçon.

Histoire de la Californie, part II: de la Californie mexicaine à la ruée vers l'or

2008-03-15T11:28:00.000-07:00

La Californie mexicaine
En 1810 commence la guerre d'indépendance du Mexique (cf. post de la semaine dernière, la Californie était jusque là une colonie espagnole). La guerre pour l'indépendance des Etats-Unis à la fin du XVIIIe siècle, la Révolution française et les écrits de Rousseau et Voltaire ont sans doute donné des ailes aux créoles (espagnols nés au Mexique) et aux métis qui étaient déjà exaspérés par les impôts élevés et par leur impossibilité d'accéder à des hautes charges. Elle s'achève en 1821 avec la proclamation de l'indépendance du Mexique qui prend alors pour capitale Monterey, oh yeah.
L'Eglise cesse alors d'entretenir les missions, qui sont livrées à elles-mêmes. Les missions sont alors sécularisées et les terres partagées. Les missions seront pillées et les territoires iront le plus souvent dans les mains des colons que dans les mains des amérindiens. Sur ces terres se développent les ranchos (cf. post de la semaine dernière). Les colons qui devaient protéger leurs troupeaux contre les grizzly et les hordes de chevaux sauvages développent la chasse au lasso contre ces bestioles: sacré univers !

La conquête de l'Ouest
Les américains affluent en Californie depuis l'Est, à la recherche de conditions de vie meilleures. Ils forment des colonies et revendiquent rapidement leur indépendance vis-à-vis du Mexique. L'administration américaine les soutient. Le président de l'époque, James Polk, tient le discours de la "destinée manifeste", idéologie selon laquelle la nation américaine a pour mission divine de répandre la démocratie et la civilisation vers l'Ouest. C'est drôle, ça me rappelle quelque chose...
Le gouvernement américain fait pression sur le gouvernement mexicain car il veut lui acheter ses terres. La guerre américano-mexicaine éclate lorsque la cavalerie mexicaine attaque des soldats américains en patrouille au bord du Rio Grande. L'ordre de guerre met 2 mois à atteindre la Californie, et le consul américain sur place essaie de conserver la paix. Mais le climat est explosif et des américains s'emparent d'une garnison à Sonoma, près de Yerba Buena (future San Fransisco) où ils hissent le Bear Flag (le futur drapeau de l'Etat de Californie, jetez un coup d'oeil sur la droite de la page). La guerre est déclarée peu après, mais les troupes américaines rencontrent peu de résistance et la Californie est conquise après environ 6 mois, avec peu de pertes dans les deux camps.

La ruée vers l'or
C'est alors que de l'or est découvert à Yerba Buena. Le télégraphe permet la diffusion rapide de la nouvelle dans le monde entier et des milliers de personnes affluent en Californie pour se livrer à la prospection. Il s'agit d'une véritable fièvre: les hommes abandonnent famille et travail pour se lancer dans la recherche d'or. C'est l'époque des villes-champignons, aujourd'hui villes fantômes. Le ranchero a été balayé par le prospecteur. Et que faire des indiens ? Leurs terres recèlent sûrement des quantités astronomiques d'or. Les américains préfèrent alors entretenir les indiens plutôt que de leur faire la guerre (un an de vivres mises à la disposition des indiens coûte moins cher qu'une semaine de guerre). Mais les citoyens sont ulcérés par ces conditions qu'ils considèrent comme trop généreuses. C'est alors que le système des réserves (limites de propriété avec obligation d'y rester) est mis en place, système qui va devenir la règle en matière d'affaires indiennes. Le système des réserves existe encore actuellement. Voilà comment deux civilisations occidentales ont réduit les civilisations amérindiennes en l'espace de 300 ans, pour s'approprier ce métal mou et lourd...

Histoire de la Californie, part I: de la domination amérindienne aux missions de la Nouvelle-Espagne

2008-03-08T18:36:00.000-08:00

Les Amérindiens
Les premiers humains seraient arrivés en Amérique du Nord il y a environ 15000 ans (faites gaffe aux chiffres, l'affaire est encore le sujet d'une controverse) lors de la dernière glaciation. Ces humains auraient alors migré plus au Sud soit par un couloir libre de glaces situé dans l'actuelle Alaska, soit en longeant la côte en bateau. Les plus vieilles traces d'occupation de la Californie datent d'environ 13000 ans: des ossements ont été retrouvé à Arlington Springs, en Californie du Sud. De nombreuses tribus se sont établies par la suite. Plus de 100 tribus ont coexisté en Californie, parmi elles les Chumash, les Mohave...

La découverte
La côte Ouest de l'Amérique du Nord a été découverte à la Renaissance, cette période de bouleversements où la vision du monde s'élargit, où la culture profane se répand grâce à l'invention de l'imprimerie, et où l'être humain acquiert une place centrale dans la vision du monde (pensez à la perspective, absente de la peinture auparavant: l'horizontalité, relation entre les humains, prend le pas sur la verticalité, relation de l'humain à Dieu).
Au début du XVIe siècle, les conquistadores avaient posé pied dans de nombreux pays d'Amérique du Sud. C'est alors que surgit le mythe des Cités d'Or (oui, comme dans le dessin animé). La légende raconte que 7 moines ont quitté la ville de Mérida en Espagne lors des conquêtes musulmanes, et ont fondé des villes si prospères que leurs rues seraient pavées d'or. Les expéditions ont donc écumé les côtes, sans succès. De manière moins poétique, les navigateurs cherchaient également un moyen pour tracer un lien plus rapidement entre le Vieux Monde et les côtes Ouest du Nouveau-Monde, par le biais d'un éventuel détroit. L'entreprise fut encore un échec. Suite à ces déceptions, et au caractère jugé inhospitalier de l'actuelle Californie (isolée par l'océan et la Sierra Nevada), ces terres vont être délaissées pendant près de 200 ans.

Les missions espagnoles
Au XVIIIe siècle la Russie et la Grande-Bretagne commencent à regarder les côtes d'Amérique du Nord avec convoitise. L'Espagne (avec alors à sa tête Charles III), par esprit de concurrence, décide alors de faire progresser la colonisation vers le Nord du Mexique. Les comptes de l'Espagne ne pouvant supporter l'expédition, ce sont les moines franciscains, financés une Eglise ravie de convertir au christianisme ces sauvages d'amérindiens, qui vont s'occuper de cette colonisation/évangélisation. L'établissement des espagnols s'organise suivant un principe à trois volets: un pueblo (village) qui regroupe les amérindiens à convertir, une mission (église) pour dispenser l'enseignement religieux et un presidio (fort militaire) pour protéger le tout. L'alliance parfaite entre le politique, le social et le religieux... Depuis la première mission fondée à San Diego par Junipero Serra en 1769, et jusqu'en 1823, 21 missions vont être bâties le long du Camino Real (au passage, Stanford est séparée de Palo Alto par ce fameux Camino Real, mais je n'ai pas eu l'occasion d'y aller...). Il y a une mission à Carmel, non loin de Pacific Grove, je vous en montrerai bientôt des photos. Le pape Jean-Paul II a béatifié Serra dans les années 80, il en a résulté une polémique. Il est sûr que cette colonisation n'a pas du toujours se faire dans le plus grand respect de l'être humain...
Une des seules ressources disponible en Californie à l'époque était la pêche, qui était néanmoins une rude activité. En 1773, le roi d'Espagne autorise alors l'acquisition de terres en Californie. C'est alors que les espagnols locaux créèrent les ranchos en y élevant le bétail importé.
La société californienne s'organisa ainsi sur cette base agricole, jusqu'à la découverte de l'or, mais ceci est un autre chapitre...

Stanford main campus

2008-03-02T21:36:00.000-08:00

Hey, jeudi dernier nous sommes allé sur le campus principal de l'université de Stanford. Je vous rapelle que je fais mon stage à Pacific Grove, juste à côté de Monterey, soit à environ 2h de route de Palo Alto, une petite ville à l'est de San Francisco où se situe l'université.

Pour la petite histoire, la Leland Stanford Junior University a été fondée en 1886 par un entrepreneur travaillant dans le domaine des chemins de fer, Leland Stanford. Le nom est celui de son fils, mort de la typhoïde en à l'aube de ses 16 ans. L'université est privée, contrairement à Berkeley par exemple, qui est une université d'Etat. Les frais d'inscriptions sont de 11600$ par trimestre pour un "undergraduate student".
Petite précision au sujet de l'organisation des études supérieures aux Etats Unis (du moins en biologie). Après la high school, vous entrez au College, où vous passez 4 ans. Ensuite vous pouvez directement entamer un doctorat, qui dure entre 3 et 8 ans, mais nombre d'étudiants font ce que l'on appelle des "rotations" avant le Ph.D. pour tâter le terrain comme on dit. Au College on est undergraduate student, après on devient graduate student.
Stanford se vante de détenir 16 prix Nobels, parmis eux: Paul Berg en 1980 (au sujet de l'ADN recombinant, Berg a d'ailleurs été un des initiateurs de la conférence d'Asilomar), Roger Kornberg en 2006 (transcription, son père c'était la réplication), Andrew Fire en 2006 (qui est d'ailleurs encore professeur là bas). C'est une liste assez sélective, hein ? lol
Stanford compte nombre de profs de renom, dont pas mal de français en philosophie et littérature en particulier (sans blague...) !

Je suis donc allé à Stanford car aujourd'hui mon boss interviewait des étudiants voulant faire un Ph.D. Pendant ce temps je me suis baladé. Le temps était superbe, et très chaud ! Il faisait le même temps qu'en été en France... Sur les photos, vous pouvez voir entre autre le Main Quad (avec toutes les arches romanes), le Memorial Court (avec les statues de Rodin au milieu), la Memorial Church (avec sa magnifique façade qui demanda à 12 hommes de suer pendant 2 ans), la Hoover Tower, et Palm Drive (pour vous donner une idée du pognon qu'il y a ici, dites vous que l'acquisition d'un seul palmier coûte 30000$ à l'université). On a également visité un petit musé très sympathique, avec plein de collections d'arts asiatique, africain, européen depuis la renaissance, et également une galerie moderne surprenante. Le gars que vous voyez la main posée contre un mur, en fait c'est un mannequin ! Il m'a fallu faire le tour de la pièce avant de m'en rendre compte, et quand je l'ai dit à Dove, l'autre "intern" du labo qui était là aussi, il avait même pas remarqué ! Clin d'oeil aux gaziers: le buste style destroy, on dirait qu'il a un flying penis dans le cou...

Le soir approchant, c'était l'heure de la session poster, accompagné bien sûr d'un buffet. Inutile de vous préciser que le buffet était succulent (ça fait plaisir de boire du vin et de manger du fromage qui porte bien son nom). Après quelques discussions avec les chercheurs locaux, il était temps de rentrer, ou plutôt d'aller au bar. Un bar assez sympathique, donc le sol était recouvert d'une épaisse couche de coques de cacahuètes. Le temps d'encaisser quelque bière (pas trop, le vin du buffet tabaissait assez comme ça), il était temps de rentrer (n'oublions pas que le vendredi a lieu une conférence à Hopkins Marine Station). En chemin, on s'arrête dans une In'n'out, le meilleur fast food d'amérique paraît-il. J'ai malheureusement pas testé, j'ai plutôt dormi dans la voiture, et d'ailleurs j'avais assez mangé comme ça au buffet... Ce n'est que partie remise.

Balade à Asilomar

2008-03-02T20:44:00.000-08:00

Une petite visite d'Asilomar s'imposait. Le coin est caractérisé par une petite plage, et plus haut par une forêt cernée par les dunes, un centre de conférences, le tout à l'ouest de Pacific Grove.
Le coin est infesté de daims ! Ils ne sont absolument pas effrayés par les humains, ils broutent tranquillement.
Le centre de conférences m'a l'air d'être un coin assez sympathique ! Piscine, barbecue, etc. On dirait plutôt une colonie de vacances qu'un centre de conférences... Après tout la différence est-elle si grande ?...

Le meilleur pour la fin, le coucher de soleil à Asilomar ! La prose devient superflue, je vous laisse admirer les photos... As the americans say: "gorgeous !"
En rentrant, un truc qui bougeait très vite a attiré mon attention. Je me fige et je vois la silhouette de ce qui semblait être un daim. Lui aussi était figé, et me fixait. Chronologiquement, cet évènement est intervenu avant ma rencontre avec les daims du centre de conférences (oui, je voulais garder le meilleur pour la fin). Dans la pénombre, ce daim était un peu flippant, surtout qu'il avait l'air d'avoir des cornes (finalement je pense que ce n'était que ses oreilles). Surtout que voyant que je ne bougeais plus, il s'approchait de moi... Finalement, j'ai poursuivi mon chemin et là, plein de daims partout ! Dans les jardins, dans les dunes... Le coin est décidément sauvage ! Pas de puma (mountain lion) cependant, ni d'ours. Ca fait bizarre d'être dans un coin pareil, en France qui a peur de sortir la nuit en pleine nature ? Ici, l'idée de me trouver nez à nez avec un ours me file un peu la frousse... Mais la région de Monterey n'est pas fréquentée par les ours à ce qu'on m'a dit, du moins pas le littoral.

Surf à Pacific Grove

2008-03-02T20:00:00.000-08:00

Comme je vous l'ai dit, la semaine dernière était caractérisée par un temps relativement merdique, surtout le week end, où il pleuvait en permanence. En fait, une tempête passait au large, dans cet océan qui n'est donc pas si pacifique. Visez moi donc ces nuages ! Cependant, la tempête n'était pas aussi forte que celle de janvier, dont j'ai entendu dire que c'était la tempête la plus violente depuis très longtemps (peut-être depuis 100 ans!). Les surfers s'en sont donc donnés à coeur joie, à Lover's Point, juste en bas de la rue où j'habite. C'est assez dangereux, c'est près des rochers (un surfer a failli se faire éclater sur les rochers).
De plus la zone est fréquentée par les requins. Il y a 6 mois, un gars s'est fait choper par un grand blanc à Pacific Grove ! Il est encore vivant, mais le requin est reparti avec un petit morceau...

Erratum

2008-02-23T17:49:00.000-08:00

Désolé, j'ai lu une des publications un peu vite: un des gènes que je vais étudier, le gène FuHC pour fusion and histocompatibility n'est pas l'homologue direct de nos molécules de CMH (complexe majeur d'histocompatibilité). La protéine putative (tout ceci provient de données logicielles) est composée d'une séquence signal, puis d'une répétition EGF (epidermal growth factor), deux domaines immunoglobuline, une partie transmembranaire et une partie cytoplasmique. La répétition EGF est faiblement apparentée à Notch (protéine transmembranaire impliquée dans la différentiation neuronale et dans l'inhibition latérale) et Tenascin (famille de protéinede la matrice extracellulaire impliquées dans l'adhésion intercellulaire). La région qui comprend les deux domaines immunoglobuline est apparentée à IGSF4D (Immunoglobulin Superfamily member 4D, une protéine impliquée dans l'adhésion intercellulaire).

Welcome to Pacific Grove

2008-02-23T16:58:00.000-08:00

Pacific Grove est une petite bourgade située au bout de la péninsule de Monterey, juste à côté de la plage d'Asilomar, le même Asilomar où il y eut une conférence sur l'ADN recombinant en 1975. Pour information, cette conférence a réunis plus d'une centaine de biologistes, physiciens, chimistes et avocats afin de déterminer une sorte de protocole général à appliquer aux recherches utilisant l'ADN recombinant (les enzymes de restrictions ont ete decouvertes vers la fin des annees soixante). La ville est censée être le lieu de retraite d'hiver pour le papillon monarque, mais pour l'instant je n'en ai pas vu...

Les maison sont ici majoritairement de style victorien, et certaines ont plus de 160 ans ! Celle où je vis est la petite bleue avec le 4x4 gris devant. La faune aviaire est très variée ici, et les oiseaux n'ont absolument pas peur des gens ! On peut les voir vraiment de très près. Il est temps à présent de tordre le cou à un premier cliché qui court sur la Californie: non il ne fait pas si chaud que ça, et non il ne fait pas tout le temps soleil ! Il est vrai qu'il fait soleil la plupart du temps ici, d'après les autochtones, mais il n'a pas arrêté de pleuvoir depuis que je suis arrivé. J'ai saisi l'occasion d'une éclaircie pour faire quelques photos. En fait la Californie est tellement grande que l'on rencontre des climats très variés, au Sud il peut faire très chaud à Los Angeles et San Diego, mais au Nord, vers San Francisco, il vaut mieux avoir tout le temps un pull avec soi en été !

Truc marrant: je pensais que les crevettes bubba-gump n'existaient que dans Forrest Gump...

Première semaine au labo

2008-02-23T15:49:00.001-08:00

Wala ça fait une petite semaine que je suis arrivé. J'ai pas fait grand chose pour l'instant, faut qu'on discute de mon projet avec my internship supervisor and the boss of the lab. Pour l'instant, c'est donc de l'analyse bibliographique. Il y avait aussi plein de procédures de sécurité à lire, avec un test à la clé... C'est assez paranoïaque mais au final les règles sont plus ou moins les mêmes qu'en France. J'ai ensuite pu recevoir les clés du labo. A propos du labo, en voici un photo. On dirait un peu une cabane, hein ?
Pour un labo de l'université de Stanford, je m'attendais un peu à quelque chose d'extraterrestre, et bien en fait pas tant que ça. La machine à glace est même dans un autre bâtiment ! C'est un peu stupide, mais se balader au bord de l'océan est si agréable... En fait Hopkins Marine Station est assez différente des labos que l'on peut trouver à Palo Alto (locus de l'Université de Stanford), selon les chercheurs qui travaillent ici. En effet, l'ambiance serait beaucoup plus détendue. Le week-end est donc assez cool (rarement plus de 4h de boulot par jour) par exemple.

Une fois toutes les deux semaines, il y a un "journal club", c'est à dire que quelqu'un dans le labo présente un article qu'il a aimé, puis on en discute. J'aime bien le principe ! C'est assez informel. L'autre semaine quelqu'un présente ses derniers résultats, puis ça alterne. Cette semaine on avait un article sur les cellules souches de la drosophile. Les E-cadhérines permettent aux cellules souches germinales de rester "accrochées" dans leur niche, tandis que la différentiation tendrait à réguler négativement l'expression des E-cadhérines, et ainsi la sortie de la niche de cellules souches.

Le vendredi midi, il y a une conférence donnée à tous les chercheurs de la station. L'intervenant est arrivé jeudi soir, on l'a accueilli à coup de bières, puis on a visité quelques bars avec des gens du labo. On est allé dans un pub soi-disant anglais, où j'ai mangé le meilleur hamburger de ma vie! Enorme, avec plein de (freedom) fries. Non je plaisante, les gens ne disent pas freedom fries ici. La plupart des gens que je rencontre leur tarde que Bush foute le camp...
Enfin, le vendredi soir il y a le "TG" qui signifie "Thanks God, it's Friday". C'est un barbecue avec tout le monde de la station. Encore une occasion de faire plein de rencontres !

C'est un plaisir de se rendre au labo tous les matins, à pied. Le chemin que j'emprunte longe l'océan. Je ne peux m'empêcher de m'arrêter pour admirer les phoques, ou regarder les vagues se briser sur les récifs.

Le jour le plus long

2008-02-20T20:42:00.000-08:00

Hello guys ! Me voici donc arrivé à Pacific Grove ! Je suis parti lundi matin de Lyon, mon avion était à 7h15. Lyon-Paris-San Francisco. Pour aller à l'aéroport, ya une navette qui passe par la Part-Dieu: pratique, le taxi ça coûte 60 euros... On a failli avoir un soucis quand même, une quiche au volant a raclé le bus en le doublant: constat et tout le bordel... Cependant pas de retard !
Finalement, 11h40 d'avion ça passe vite. Entre la lecture, la sieste (merci le vin et le champagne de midi, ça fout un coup de barre...), le temps passé à regardé à travers le hublot (notez les stratocumulus sur la photo) et les bavardages avec les voisins, on ne voit pas le temps passer !
A San Francisco, l'accueil a été chaleureux ! Même avec le policier chargé de vérifier les passeports ! C'est donc à mon tour de montrer patte blanche, et lui de me dire: "How are you doin' ?" En fait ça ressemblait plus à "Howayudoin' ?". Et moi de répondre: "Fine, thanks". Il regarde mon passeport (américain): "So you live in France ?" "Yeah" "Why are you here ? Vacations ?" "Mmmm... Yeah!" Puis les habituelles questions: avez vous des produits inflammables? des armes blanches? du fromage qui pue? etc... En fait la plupart des gens que j'ai croisé me lançaient ce "Howayudoin' ?" Le conducteur du bus qui m'a emmené de San Francisco à Monterey, le caissier au supermarché tout à l'heure... Tout le monde est très aimable ! Et dire qu'en France quand vous dites bonjour à quelqu'un dans la rue, il vous regarde bizarrement...
Quelque chose m'a marqué en arrivant, ce sont les bagnoles... Sur 5 voitures, vous avez 3 4x4 ! Puis les 2 voitures restantes sont pas des twingos... Je vous laisse vérifier par vous même sur la photo... Ici, on aime beaucoup les grosses roues et les jantes rutilantes aussi. Par contre la conduite est exemplaire, personne ne conduit comme un bourrin, et quand vous voulez traverser, même si vous regardez en l'air, les voitures s'arrêtent pour vous laisser passer !
Je suis arrivé à la maison où je loge vers 5h du soir. Je commençais à être sacrément crevé: il était 2h du matin en France... Juste le temps d'aller acheter des Special K pour le lendemain matin, et je me suis jeté dans mon lit (en fait, mon matelas) pour 12h de sommeil... Les Special K sont assez bons là bas ! Ils sont plus riches en protéines (22,5gVS15g pour 100g), moins riches en sucres rapides (13gVS17g) et aussi riches en amidon et en lipides. En somme c'est mieux... Il faudra que je vous parle de la nourriture, mais ce sera dans un autre post, que je gagne un peu plus d'expérience (pour l'instant ya que le supermarché et c'est pas fameux...).

Qu'est-ce qu'un blog ?

2008-02-16T04:47:00.000-08:00

Blog, quel nom bizarre n'est-ce pas ?
On dirait qu'il y a "log" dedans, qui signifie journal de bord (et bûche aussi suivant le contexte).
Mais pourquoi Blog ? Bullshit log ?
En fait il semblerait qu'il s'agit d'un mot-valise, c'est à dire un néologisme formé par la fusion de deux mots. Ici il s'agit de la réunion de "web" et de "log". C'est donc une haplologie, la même syllabe constitue ainsi la fin d'un mot et le début d'un autre.

Il ya plein de mots valise dans la vie courante: motel (motorway hotel), modem (modulateur démodulateur, ou mouvement démocrate lol), codec (codeur décodeur), et même informatique (information automatique) ! Bon d'accord, il semblerait que le vocabulaire d'un geek soit plus riche en mots-valises que celui de monsieur tout le monde...

Pour plus d'infos: http://fr.wikipedia.org/wiki/Mot-valise

Journal d'une aventure

2008-02-16T03:57:00.000-08:00

Coucou à tous !

Pour ceux qui ne le savent pas encore, je vais donc faire un stage dans le laboratoire de Tony de Tomaso à Hopkins Marine Station à Pacific Grove. Pacific Grove est une petite bourgade d'environ 20 000 âmes au bord de l'océan pacifique, juste à côté de Monterey, au sud de la baie de Santa Cruz (100 miles au sud de San Francisco). Vous pensez à Monterey avec son aquarium, son festival en 1967 avec Janis Joplin, The Who, Otis Redding, Simon and Garfunkel, etc ? Oui c'est bien ça !

Un petit mot sur le sujet de mon stage... Je vais étudier l'alloreconnaissance chez Botryllus schlosseri, un Urochordé. Les Urochordés sont des animaux très bizarres: ce sont des Chordés (collagène, système nerveux à synapses chimiques, symétrie bilatérale, gastrulation conduisant à 3 feuillets embryonnaires, gènes Hox, squelette interne, tube nerveux formé par invagination du neurectoderme, plan d'organisation caractéristique des Chordés, j'en passe et des meilleurs) mais qui ont perdu bcp de caractères morphologiques par la suite. Donc quand on regarde la bestiole ça ressemble vaguement à une éponge... Mais il n'en est rien! Une petite image: 1.corps, 2.tunique, 3. siphon inhalant buccal, 4.siphon exhalant, 5.pharynx, 6.fente respiratoire, 7.estomac, 8.cloaque ou atrium, 9.cavité péribranchiale, 10.endostyle, 11.glandes reproductrices, 12.ganglions nerveux. http://pagesperso-orange.fr/gonzales.manuel/

Cette bestiole se reproduit clonalement pour former des colonies d'une dizaine d'individus génétiquement identiques qui partagent leur système vasculaire. Quand deux colonies entrent en contact, il y a une alloreconnaissance médiée par des homologues des molécules de MHC. Soit les allèles sont identiques et il y a fusion des colonies qui partagent alors leur système cardiovasculaire, soit il y a inflammation et rejet. Je vais étudier par RT-qPCR l'expression des gènes impliqués au cours du processus.

Je suis très excité à l'idée de partir ! Moi qui ai fait timidement ma première excursion à l'étranger l'été dernier, cette expérience risque d'être riche: la recherche aux Etats Unis, la culture américaine et plus particulièrement californienne, etc. Plein de questions se posent à moi: vais-je être bien accueilli, moi, pauvre français ? est-ce que la nourriture ne va pas être trop dégueulasse ? le vin sera-t-il bon ? Tout ceci me donne envie de vous faire partager cette expérience.

Sur ce, je vous dis à très bientôt, merci d'avoir lu jusque là, lol.