Au labo

Bon il est temps de parler un peu de ce que je fais au labo ! Pour l'instant j'étudie la variation au cours du cycle de reproduction asexuée l'expression des gènes impliquées dans l'alloreconnaissance. A la loupe binoculaire (voir photo), on peut identifier en gros 7 stades. J'identifie donc ces stades et je procède alors à l'extraction des acides ribonucléiques (ARN) en vue de la reverse-transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR, technique permettant de quantifier le niveau d'expression d'un gène). Je commence par congeler les bestioles dans l'azote liquide (-96°C) puis j'extrais les ARN. Je vous passe les détails ! Sur les photos je suis en train de prendre les bestioles en photo (belle mise en abîme...).
Wala pas grand chose à dire en fait, à part que je commence connaître le développement de ces bestioles par coeur, à force de les scruter à la recherche du bourgeon secondaire... Aller je vous explique la vie de Botryllus! Les ascidies sont parmi les rares Chordés (les seuls? zut j'ai laissé les articles au labo au moment où j'écris ces lignes) à posséder une reproduction asexuée, c'est-à-dire qu'un individu produit une descendance sans le recours d'un partenaire sexuel (donc pas de gamètes, pas de fécondation, etc). Le rejeton est donc un clone du vieux !Botryllus schlosseri (voir couverture du Immunity à droite) forme des regroupements en forme d'étoile (d'où schlosseri) ou de fleur (au choix!) qui sont appelés systèmes. Chaque pétale (appelé zooïde) d'un système est un individu composé d'un tube digestif, d'un coeur, d'un système nerveux, de gonades (car Botryllus possède aussi une reproduction sexuée) etc. Les zooïdes sont des individus génétiquement identiques qui dérivent d'une larve par reproduction asexuée. Au cours du cycle hebdomadaire, des bourgeons se développent sur les côtés des zooïdes. Ces bourgeons sont les produits de la reproduction asexuée. Au bout de quelques jours, des bourgeons secondaires apparaissent sur les bourgeons primaires. Au bout de 7 jours, les zooïdes meurent et les bourgeons primaires prennent la place des zooïdes, les bourgeons secondaires celle des bourgeons primaires, et le cycle recommence. Ce qui est impressionnant chez Botryllus c'est que le système vasculaire peut fonctionner à rebours, c'est àd dire que les battements du coeur changent de sens, et le "sang" circule alors en sens inverse. Je pense que c'est très important car à la périphérie du système, les vaisseaux forment des ampoules (lieu de l'alloreconnaissance en fait...) et cette inversion de sens de circulation permet de recycler le fluide qui les remplit.
La prochaine fois je vous montrerai des photos de Botryllus schlosseri.

Randonnée à Big Sur

Ce week end pas de soccer (ici foutbol désigne ce sport de brute ou l'on doit jouer avec un casque et un ballon de rugby avec des lacets) mais plutôt une radonnée du côté de Big Sur, dans la Los Padres National Forest. Nous sommes parti samedi matin vers 10h avec deux amis du labo: Uli qui vient d'Allemagne et Stefano qui vient d'Italie. Le temps de faire quelques courses nous sommes arrivés au départ de la randonnée à midi. Nous avions prévu de dormir là-bas, car la randonnée fait 10 miles de long. La route pour atteindre Big Sur longe la côte, nous avons pu admirer de sublimes plages et falaises. Premier défi: trouver une place de parking, car les randonnées dans le coin sont très prisées ! Finalement on a réussit à trouver Dieu sait comment... Nous avons donc entamé la randonnée, chargés comme des mulets (mon sac devait faire dans les 20 kilos). Le parcours commençait fort ! C'était très pentu, et il faisait assez chaud et sec. On a pas fait beaucoup de pauses, on a donc avalé la randonnée en 4h30. La randonnée traverse une forêt de Redwoods, des arbres immenses au bois très rouge. L'arrivée se trouve au bord d'une rivière, avec des berges idéales pour le camping sauvage. C'était assez acrobatique à certains moments. Deuxième défi: trouver une coin pour poser sa tente ! Eh oui beaucoup de voitures, beaucoupe de randonneurs, donc peu de place... Il devait y avoir en gros une dizaine de bivouac dans les environs. On a alors fait un petit feu pour préparer la nourriture et se réchauffer d'une fin d'après midi qui se rafraichissait. Je ne vous l'ai pas encore dit, mais le lieu accueille des sources chaudes... Mmmm... Mais il fallait presque prendre un ticket, évidemment elles étaient squattées en permanence. On a donc passé tranquillement la soirée au bord du feu, en attendant que la fatigue emporte la plupart des patates qui se prélassaient dans le bouillon. "Eh, the hot-tub looks empty, let's go!" Stefano n'était pas d'attaque, moi et Uli sommes donc allé dans la "baignoire" sans lui. En fait la source était canalisée vers une sorte de baignoire aménagée au bord de la rivière (Margot, Margot). Une source se trouvait juste de l'autre côté de la rivière en face de notre campement. Il fallait alors faire un choix: allions-nous emprunter la voie sèche en passant sur le tronc d'arbre qui traversait la rivière un peu en amont, ou allions-nous traverser la rivière ? Comme nous sommes malins, nous n'avions pas emporté de lampe torche avec nous. Nous avons alors décidé de traverser la rivière armé de nos téléphones portables. Ca éclairait très bien en fait. Nous avons donc laissé nos vêtements sur la rive puis avons entamé la traversée. Brrr c'est froid ! Hop un trou inattendu et me voilà avec l'eau jusqu'au nombril. Gloup ! Au moins ça retend l'épiderme... Après avoir niqué un ou deux orteils sur des rochers, nous nous sommes jetés dans la source chaude. Ca sentait un peu l'oeuf pourri... Sulfure d'hydrogène ? On aura toujours la traversée retour pour se rincer... Le cadre était superbe, en pleine nuit dans une source chaud au bord d'une rivière de montagne, le firmament étincelant entre les arbres, au-dessus de nos têtes... Il ne manquait plus qu'une coupe de champagne ! La fatigue de l'aller se faisant sentir, il était temps d'aller se coucher.
Au petit matin, juste le temps de piquer une petite tête dans la source et il était temps de partir. Le retour était tout aussi difficile que l'aller, et nous a pris autant de temps, bien que cette fois-ci la dénivelée était dans le sens de la descente. En rentrant nous nous sommes arrêtés dans un restaurant mexicain, j'ai pris un burrito quel délice ! En rentrant à la maison quel plaisir de retrouver mon matelas pneumatique ! J'avais pas de tapis de sol pour le camping...

Premières impressions sur la nourriture

On entend de tout sur la nourriture aux Etats Unis, et en particulier qu'elle est dégueulasse. Comme pour tout, il est difficile de généraliser. Ce que l'on peut dire, c'est qu'elle est chère. Mais du fait de l'appréciation de l'euro, la différence tend à se réduire. Comptez 2$ pour une livre de légumes, soit environ un demi kilo. Sinon on en a pour son argent car ils sont en général très bons. Par contre je ne comprends pas leur prix excessif, vu que la plupart sont cultivés aux Etats-Unis, souvent en Californie. On tombe parfois sur des monstres, par exemple des pamplemousses gros comme des ballons de volleyball...
Il y a également une obsession avec le sel, donc impossible de ne pas mettre la teneur en sel dans l'analyse nutritionnelle. On voit même des chips avec une teneur en sel (très) réduite, du coup on a l'impression de manger un beignet trop cuit. Il est impossible de trouver du lait "normal", c'est-à-dire que c'est toujours enrichi en telle vitamine, réduit en matière grasse, etc. Vous voulez faire une mousse au chocolat ? Battez-vous pour trouver du chocolat à cuisiner en tablette ! Du coup je suis en train de développer une recette à base de chocolat en poudre, work
in progress... En fait j'ai l'impression que l'on ne cuisine pas beaucoup en général, ici. Les patisseries se réalisent le plus souvent à partir de mix déjà fait auxquels il faut ajouter de l'eau (voire ne rien ajouter du tout ! mettez ça au four et c'est parti), et les plats préparés sont presque la règle.
La semaine dernière j'ai mangé un poulet rôti, laissez moi vous raconter ça. Déjà c'était un monstre, un blanc était équivalent à deux blancs comme on en trouve en France. De plus, la chair avait un goût sucré... Bizarre !
Quelques images pour apporter un peu de couleur à ce post: admirez moi les tomates en boîtes 6 en 1 ! "Mais qu'est-ce qu'il peut bien avoir là-dedans ?" Ben en fait juste des tomates et du sel, c'était juste pour faire fuir le client, ou lui faire croire que c'est de la lessive. Ensuite vient le "SPAM". Ce que c'est ? Un espèce de jambon apparemment... Il paraît que c'est très connu par ici, du moins chez les jeunes. Du moment que ça arrive pas dans ma boîte aux lettres je suis content...
Bon après avoir tout dénigrer, je vais finir sur une note plus optimiste! Le beurre de soja (comme le beurre de cacahuète mais fait à partir de soja) est ma passion! C'est très bon, c'est comme une pâte à tartiner. En plus c'est beaucoup moins gras que le beurre de cacahuète (environ 30% de matière grasse, soit autant que du chocolat noir).

Shit happens... Sometimes...

Ce qui suit sort du Monterey Herald. Un garçon de 10 ans vient de sortir de l'hôpital, poussant sur les roues de son fauteuil, car il est paraplégique. Il y a deux mois, alors qu'il prenait sa leçon de piano, un homme armé cambriolait une station service en face de l'école de musique et tira un coup de feu. La balle traversa la rue, le mur de l'école, et vint se loger dans le flanc du jeune garçon.

Histoire de la Californie, part II: de la Californie mexicaine à la ruée vers l'or

La Californie mexicaine
En 1810 commence la guerre d'indépendance du Mexique (cf. post de la semaine dernière, la Californie était jusque là une colonie espagnole). La guerre pour l'indépendance des Etats-Unis à la fin du XVIIIe siècle, la Révolution française et les écrits de Rousseau et Voltaire ont sans doute donné des ailes aux créoles (espagnols nés au Mexique) et aux métis qui étaient déjà exaspérés par les impôts élevés et par leur impossibilité d'accéder à des hautes charges. Elle s'achève en 1821 avec la proclamation de l'indépendance du Mexique qui prend alors pour capitale Monterey, oh yeah.
L'Eglise cesse alors d'entretenir les missions, qui sont livrées à elles-mêmes. Les missions sont alors sécularisées et les terres partagées. Les missions seront pillées et les territoires iront le plus souvent dans les mains des colons que dans les mains des amérindiens. Sur ces terres se développent les ranchos (cf. post de la semaine dernière). Les colons qui devaient protéger leurs troupeaux contre les grizzly et les hordes de chevaux sauvages développent la chasse au lasso contre ces bestioles: sacré univers !

La conquête de l'Ouest
Les américains affluent en Californie depuis l'Est, à la recherche de conditions de vie meilleures. Ils forment des colonies et revendiquent rapidement leur indépendance vis-à-vis du Mexique. L'administration américaine les soutient. Le président de l'époque, James Polk, tient le discours de la "destinée manifeste", idéologie selon laquelle la nation américaine a pour mission divine de répandre la démocratie et la civilisation vers l'Ouest. C'est drôle, ça me rappelle quelque chose...
Le gouvernement américain fait pression sur le gouvernement mexicain car il veut lui acheter ses terres. La guerre américano-mexicaine éclate lorsque la cavalerie mexicaine attaque des soldats américains en patrouille au bord du Rio Grande. L'ordre de guerre met 2 mois à atteindre la Californie, et le consul américain sur place essaie de conserver la paix. Mais le climat est explosif et des américains s'emparent d'une garnison à Sonoma, près de Yerba Buena (future San Fransisco) où ils hissent le Bear Flag (le futur drapeau de l'Etat de Californie, jetez un coup d'oeil sur la droite de la page). La guerre est déclarée peu après, mais les troupes américaines rencontrent peu de résistance et la Californie est conquise après environ 6 mois, avec peu de pertes dans les deux camps.

La ruée vers l'or
C'est alors que de l'or est découvert à Yerba Buena. Le télégraphe permet la diffusion rapide de la nouvelle dans le monde entier et des milliers de personnes affluent en Californie pour se livrer à la prospection. Il s'agit d'une véritable fièvre: les hommes abandonnent famille et travail pour se lancer dans la recherche d'or. C'est l'époque des villes-champignons, aujourd'hui villes fantômes. Le ranchero a été balayé par le prospecteur. Et que faire des indiens ? Leurs terres recèlent sûrement des quantités astronomiques d'or. Les américains préfèrent alors entretenir les indiens plutôt que de leur faire la guerre (un an de vivres mises à la disposition des indiens coûte moins cher qu'une semaine de guerre). Mais les citoyens sont ulcérés par ces conditions qu'ils considèrent comme trop généreuses. C'est alors que le système des réserves (limites de propriété avec obligation d'y rester) est mis en place, système qui va devenir la règle en matière d'affaires indiennes. Le système des réserves existe encore actuellement. Voilà comment deux civilisations occidentales ont réduit les civilisations amérindiennes en l'espace de 300 ans, pour s'approprier ce métal mou et lourd...

Histoire de la Californie, part I: de la domination amérindienne aux missions de la Nouvelle-Espagne

Les Amérindiens
Les premiers humains seraient arrivés en Amérique du Nord il y a environ 15000 ans (faites gaffe aux chiffres, l'affaire est encore le sujet d'une controverse) lors de la dernière glaciation. Ces humains auraient alors migré plus au Sud soit par un couloir libre de glaces situé dans l'actuelle Alaska, soit en longeant la côte en bateau. Les plus vieilles traces d'occupation de la Californie datent d'environ 13000 ans: des ossements ont été retrouvé à Arlington Springs, en Californie du Sud. De nombreuses tribus se sont établies par la suite. Plus de 100 tribus ont coexisté en Californie, parmi elles les Chumash, les Mohave...

La découverte
La côte Ouest de l'Amérique du Nord a été découverte à la Renaissance, cette période de bouleversements où la vision du monde s'élargit, où la culture profane se répand grâce à l'invention de l'imprimerie, et où l'être humain acquiert une place centrale dans la vision du monde (pensez à la perspective, absente de la peinture auparavant: l'horizontalité, relation entre les humains, prend le pas sur la verticalité, relation de l'humain à Dieu).
Au début du XVIe siècle, les conquistadores avaient posé pied dans de nombreux pays d'Amérique du Sud. C'est alors que surgit le mythe des Cités d'Or (oui, comme dans le dessin animé). La légende raconte que 7 moines ont quitté la ville de Mérida en Espagne lors des conquêtes musulmanes, et ont fondé des villes si prospères que leurs rues seraient pavées d'or. Les expéditions ont donc écumé les côtes, sans succès. De manière moins poétique, les navigateurs cherchaient également un moyen pour tracer un lien plus rapidement entre le Vieux Monde et les côtes Ouest du Nouveau-Monde, par le biais d'un éventuel détroit. L'entreprise fut encore un échec. Suite à ces déceptions, et au caractère jugé inhospitalier de l'actuelle Californie (isolée par l'océan et la Sierra Nevada), ces terres vont être délaissées pendant près de 200 ans.

Les missions espagnoles
Au XVIIIe siècle la Russie et la Grande-Bretagne commencent à regarder les côtes d'Amérique du Nord avec convoitise. L'Espagne (avec alors à sa tête Charles III), par esprit de concurrence, décide alors de faire progresser la colonisation vers le Nord du Mexique. Les comptes de l'Espagne ne pouvant supporter l'expédition, ce sont les moines franciscains, financés une Eglise ravie de convertir au christianisme ces sauvages d'amérindiens, qui vont s'occuper de cette colonisation/évangélisation. L'établissement des espagnols s'organise suivant un principe à trois volets: un pueblo (village) qui regroupe les amérindiens à convertir, une mission (église) pour dispenser l'enseignement religieux et un presidio (fort militaire) pour protéger le tout. L'alliance parfaite entre le politique, le social et le religieux... Depuis la première mission fondée à San Diego par Junipero Serra en 1769, et jusqu'en 1823, 21 missions vont être bâties le long du Camino Real (au passage, Stanford est séparée de Palo Alto par ce fameux Camino Real, mais je n'ai pas eu l'occasion d'y aller...). Il y a une mission à Carmel, non loin de Pacific Grove, je vous en montrerai bientôt des photos. Le pape Jean-Paul II a béatifié Serra dans les années 80, il en a résulté une polémique. Il est sûr que cette colonisation n'a pas du toujours se faire dans le plus grand respect de l'être humain...
Une des seules ressources disponible en Californie à l'époque était la pêche, qui était néanmoins une rude activité. En 1773, le roi d'Espagne autorise alors l'acquisition de terres en Californie. C'est alors que les espagnols locaux créèrent les ranchos en y élevant le bétail importé.
La société californienne s'organisa ainsi sur cette base agricole, jusqu'à la découverte de l'or, mais ceci est un autre chapitre...

Stanford main campus

Hey, jeudi dernier nous sommes allé sur le campus principal de l'université de Stanford. Je vous rapelle que je fais mon stage à Pacific Grove, juste à côté de Monterey, soit à environ 2h de route de Palo Alto, une petite ville à l'est de San Francisco où se situe l'université.

Pour la petite histoire, la Leland Stanford Junior University a été fondée en 1886 par un entrepreneur travaillant dans le domaine des chemins de fer, Leland Stanford. Le nom est celui de son fils, mort de la typhoïde en à l'aube de ses 16 ans. L'université est privée, contrairement à Berkeley par exemple, qui est une université d'Etat. Les frais d'inscriptions sont de 11600$ par trimestre pour un "undergraduate student".
Petite précision au sujet de l'organisation des études supérieures aux Etats Unis (du moins en biologie). Après la high school, vous entrez au College, où vous passez 4 ans. Ensuite vous pouvez directement entamer un doctorat, qui dure entre 3 et 8 ans, mais nombre d'étudiants font ce que l'on appelle des "rotations" avant le Ph.D. pour tâter le terrain comme on dit. Au College on est undergraduate student, après on devient graduate student.
Stanford se vante de détenir 16 prix Nobels, parmis eux: Paul Berg en 1980 (au sujet de l'ADN recombinant, Berg a d'ailleurs été un des initiateurs de la conférence d'Asilomar), Roger Kornberg en 2006 (transcription, son père c'était la réplication), Andrew Fire en 2006 (qui est d'ailleurs encore professeur là bas). C'est une liste assez sélective, hein ? lol
Stanford compte nombre de profs de renom, dont pas mal de français en philosophie et littérature en particulier (sans blague...) !

Je suis donc allé à Stanford car aujourd'hui mon boss interviewait des étudiants voulant faire un Ph.D. Pendant ce temps je me suis baladé. Le temps était superbe, et très chaud ! Il faisait le même temps qu'en été en France... Sur les photos, vous pouvez voir entre autre le Main Quad (avec toutes les arches romanes), le Memorial Court (avec les statues de Rodin au milieu), la Memorial Church (avec sa magnifique façade qui demanda à 12 hommes de suer pendant 2 ans), la Hoover Tower, et Palm Drive (pour vous donner une idée du pognon qu'il y a ici, dites vous que l'acquisition d'un seul palmier coûte 30000$ à l'université). On a également visité un petit musé très sympathique, avec plein de collections d'arts asiatique, africain, européen depuis la renaissance, et également une galerie moderne surprenante. Le gars que vous voyez la main posée contre un mur, en fait c'est un mannequin ! Il m'a fallu faire le tour de la pièce avant de m'en rendre compte, et quand je l'ai dit à Dove, l'autre "intern" du labo qui était là aussi, il avait même pas remarqué ! Clin d'oeil aux gaziers: le buste style destroy, on dirait qu'il a un flying penis dans le cou...

Le soir approchant, c'était l'heure de la session poster, accompagné bien sûr d'un buffet. Inutile de vous préciser que le buffet était succulent (ça fait plaisir de boire du vin et de manger du fromage qui porte bien son nom). Après quelques discussions avec les chercheurs locaux, il était temps de rentrer, ou plutôt d'aller au bar. Un bar assez sympathique, donc le sol était recouvert d'une épaisse couche de coques de cacahuètes. Le temps d'encaisser quelque bière (pas trop, le vin du buffet tabaissait assez comme ça), il était temps de rentrer (n'oublions pas que le vendredi a lieu une conférence à Hopkins Marine Station). En chemin, on s'arrête dans une In'n'out, le meilleur fast food d'amérique paraît-il. J'ai malheureusement pas testé, j'ai plutôt dormi dans la voiture, et d'ailleurs j'avais assez mangé comme ça au buffet... Ce n'est que partie remise.

Balade à Asilomar

Une petite visite d'Asilomar s'imposait. Le coin est caractérisé par une petite plage, et plus haut par une forêt cernée par les dunes, un centre de conférences, le tout à l'ouest de Pacific Grove.
Le coin est infesté de daims ! Ils ne sont absolument pas effrayés par les humains, ils broutent tranquillement.
Le centre de conférences m'a l'air d'être un coin assez sympathique ! Piscine, barbecue, etc. On dirait plutôt une colonie de vacances qu'un centre de conférences... Après tout la différence est-elle si grande ?...

Le meilleur pour la fin, le coucher de soleil à Asilomar ! La prose devient superflue, je vous laisse admirer les photos... As the americans say: "gorgeous !"
En rentrant, un truc qui bougeait très vite a attiré mon attention. Je me fige et je vois la silhouette de ce qui semblait être un daim. Lui aussi était figé, et me fixait. Chronologiquement, cet évènement est intervenu avant ma rencontre avec les daims du centre de conférences (oui, je voulais garder le meilleur pour la fin). Dans la pénombre, ce daim était un peu flippant, surtout qu'il avait l'air d'avoir des cornes (finalement je pense que ce n'était que ses oreilles). Surtout que voyant que je ne bougeais plus, il s'approchait de moi... Finalement, j'ai poursuivi mon chemin et là, plein de daims partout ! Dans les jardins, dans les dunes... Le coin est décidément sauvage ! Pas de puma (mountain lion) cependant, ni d'ours. Ca fait bizarre d'être dans un coin pareil, en France qui a peur de sortir la nuit en pleine nature ? Ici, l'idée de me trouver nez à nez avec un ours me file un peu la frousse... Mais la région de Monterey n'est pas fréquentée par les ours à ce qu'on m'a dit, du moins pas le littoral.

Surf à Pacific Grove

Comme je vous l'ai dit, la semaine dernière était caractérisée par un temps relativement merdique, surtout le week end, où il pleuvait en permanence. En fait, une tempête passait au large, dans cet océan qui n'est donc pas si pacifique. Visez moi donc ces nuages ! Cependant, la tempête n'était pas aussi forte que celle de janvier, dont j'ai entendu dire que c'était la tempête la plus violente depuis très longtemps (peut-être depuis 100 ans!). Les surfers s'en sont donc donnés à coeur joie, à Lover's Point, juste en bas de la rue où j'habite. C'est assez dangereux, c'est près des rochers (un surfer a failli se faire éclater sur les rochers).
De plus la zone est fréquentée par les requins. Il y a 6 mois, un gars s'est fait choper par un grand blanc à Pacific Grove ! Il est encore vivant, mais le requin est reparti avec un petit morceau...