Erratum

Désolé, j'ai lu une des publications un peu vite: un des gènes que je vais étudier, le gène FuHC pour fusion and histocompatibility n'est pas l'homologue direct de nos molécules de CMH (complexe majeur d'histocompatibilité). La protéine putative (tout ceci provient de données logicielles) est composée d'une séquence signal, puis d'une répétition EGF (epidermal growth factor), deux domaines immunoglobuline, une partie transmembranaire et une partie cytoplasmique. La répétition EGF est faiblement apparentée à Notch (protéine transmembranaire impliquée dans la différentiation neuronale et dans l'inhibition latérale) et Tenascin (famille de protéinede la matrice extracellulaire impliquées dans l'adhésion intercellulaire). La région qui comprend les deux domaines immunoglobuline est apparentée à IGSF4D (Immunoglobulin Superfamily member 4D, une protéine impliquée dans l'adhésion intercellulaire).

Welcome to Pacific Grove

Pacific Grove est une petite bourgade située au bout de la péninsule de Monterey, juste à côté de la plage d'Asilomar, le même Asilomar où il y eut une conférence sur l'ADN recombinant en 1975. Pour information, cette conférence a réunis plus d'une centaine de biologistes, physiciens, chimistes et avocats afin de déterminer une sorte de protocole général à appliquer aux recherches utilisant l'ADN recombinant (les enzymes de restrictions ont ete decouvertes vers la fin des annees soixante). La ville est censée être le lieu de retraite d'hiver pour le papillon monarque, mais pour l'instant je n'en ai pas vu...

Les maison sont ici majoritairement de style victorien, et certaines ont plus de 160 ans ! Celle où je vis est la petite bleue avec le 4x4 gris devant. La faune aviaire est très variée ici, et les oiseaux n'ont absolument pas peur des gens ! On peut les voir vraiment de très près. Il est temps à présent de tordre le cou à un premier cliché qui court sur la Californie: non il ne fait pas si chaud que ça, et non il ne fait pas tout le temps soleil ! Il est vrai qu'il fait soleil la plupart du temps ici, d'après les autochtones, mais il n'a pas arrêté de pleuvoir depuis que je suis arrivé. J'ai saisi l'occasion d'une éclaircie pour faire quelques photos. En fait la Californie est tellement grande que l'on rencontre des climats très variés, au Sud il peut faire très chaud à Los Angeles et San Diego, mais au Nord, vers San Francisco, il vaut mieux avoir tout le temps un pull avec soi en été !

Truc marrant: je pensais que les crevettes bubba-gump n'existaient que dans Forrest Gump...

Première semaine au labo

Wala ça fait une petite semaine que je suis arrivé. J'ai pas fait grand chose pour l'instant, faut qu'on discute de mon projet avec my internship supervisor and the boss of the lab. Pour l'instant, c'est donc de l'analyse bibliographique. Il y avait aussi plein de procédures de sécurité à lire, avec un test à la clé... C'est assez paranoïaque mais au final les règles sont plus ou moins les mêmes qu'en France. J'ai ensuite pu recevoir les clés du labo. A propos du labo, en voici un photo. On dirait un peu une cabane, hein ?
Pour un labo de l'université de Stanford, je m'attendais un peu à quelque chose d'extraterrestre, et bien en fait pas tant que ça. La machine à glace est même dans un autre bâtiment ! C'est un peu stupide, mais se balader au bord de l'océan est si agréable... En fait Hopkins Marine Station est assez différente des labos que l'on peut trouver à Palo Alto (locus de l'Université de Stanford), selon les chercheurs qui travaillent ici. En effet, l'ambiance serait beaucoup plus détendue. Le week-end est donc assez cool (rarement plus de 4h de boulot par jour) par exemple.

Une fois toutes les deux semaines, il y a un "journal club", c'est à dire que quelqu'un dans le labo présente un article qu'il a aimé, puis on en discute. J'aime bien le principe ! C'est assez informel. L'autre semaine quelqu'un présente ses derniers résultats, puis ça alterne. Cette semaine on avait un article sur les cellules souches de la drosophile. Les E-cadhérines permettent aux cellules souches germinales de rester "accrochées" dans leur niche, tandis que la différentiation tendrait à réguler négativement l'expression des E-cadhérines, et ainsi la sortie de la niche de cellules souches.

Le vendredi midi, il y a une conférence donnée à tous les chercheurs de la station. L'intervenant est arrivé jeudi soir, on l'a accueilli à coup de bières, puis on a visité quelques bars avec des gens du labo. On est allé dans un pub soi-disant anglais, où j'ai mangé le meilleur hamburger de ma vie! Enorme, avec plein de (freedom) fries. Non je plaisante, les gens ne disent pas freedom fries ici. La plupart des gens que je rencontre leur tarde que Bush foute le camp...
Enfin, le vendredi soir il y a le "TG" qui signifie "Thanks God, it's Friday". C'est un barbecue avec tout le monde de la station. Encore une occasion de faire plein de rencontres !

C'est un plaisir de se rendre au labo tous les matins, à pied. Le chemin que j'emprunte longe l'océan. Je ne peux m'empêcher de m'arrêter pour admirer les phoques, ou regarder les vagues se briser sur les récifs.

Le jour le plus long

Hello guys ! Me voici donc arrivé à Pacific Grove ! Je suis parti lundi matin de Lyon, mon avion était à 7h15. Lyon-Paris-San Francisco. Pour aller à l'aéroport, ya une navette qui passe par la Part-Dieu: pratique, le taxi ça coûte 60 euros... On a failli avoir un soucis quand même, une quiche au volant a raclé le bus en le doublant: constat et tout le bordel... Cependant pas de retard !
Finalement, 11h40 d'avion ça passe vite. Entre la lecture, la sieste (merci le vin et le champagne de midi, ça fout un coup de barre...), le temps passé à regardé à travers le hublot (notez les stratocumulus sur la photo) et les bavardages avec les voisins, on ne voit pas le temps passer !
A San Francisco, l'accueil a été chaleureux ! Même avec le policier chargé de vérifier les passeports ! C'est donc à mon tour de montrer patte blanche, et lui de me dire: "How are you doin' ?" En fait ça ressemblait plus à "Howayudoin' ?". Et moi de répondre: "Fine, thanks". Il regarde mon passeport (américain): "So you live in France ?" "Yeah" "Why are you here ? Vacations ?" "Mmmm... Yeah!" Puis les habituelles questions: avez vous des produits inflammables? des armes blanches? du fromage qui pue? etc... En fait la plupart des gens que j'ai croisé me lançaient ce "Howayudoin' ?" Le conducteur du bus qui m'a emmené de San Francisco à Monterey, le caissier au supermarché tout à l'heure... Tout le monde est très aimable ! Et dire qu'en France quand vous dites bonjour à quelqu'un dans la rue, il vous regarde bizarrement...
Quelque chose m'a marqué en arrivant, ce sont les bagnoles... Sur 5 voitures, vous avez 3 4x4 ! Puis les 2 voitures restantes sont pas des twingos... Je vous laisse vérifier par vous même sur la photo... Ici, on aime beaucoup les grosses roues et les jantes rutilantes aussi. Par contre la conduite est exemplaire, personne ne conduit comme un bourrin, et quand vous voulez traverser, même si vous regardez en l'air, les voitures s'arrêtent pour vous laisser passer !
Je suis arrivé à la maison où je loge vers 5h du soir. Je commençais à être sacrément crevé: il était 2h du matin en France... Juste le temps d'aller acheter des Special K pour le lendemain matin, et je me suis jeté dans mon lit (en fait, mon matelas) pour 12h de sommeil... Les Special K sont assez bons là bas ! Ils sont plus riches en protéines (22,5gVS15g pour 100g), moins riches en sucres rapides (13gVS17g) et aussi riches en amidon et en lipides. En somme c'est mieux... Il faudra que je vous parle de la nourriture, mais ce sera dans un autre post, que je gagne un peu plus d'expérience (pour l'instant ya que le supermarché et c'est pas fameux...).

Qu'est-ce qu'un blog ?

Blog, quel nom bizarre n'est-ce pas ?
On dirait qu'il y a "log" dedans, qui signifie journal de bord (et bûche aussi suivant le contexte).
Mais pourquoi Blog ? Bullshit log ?
En fait il semblerait qu'il s'agit d'un mot-valise, c'est à dire un néologisme formé par la fusion de deux mots. Ici il s'agit de la réunion de "web" et de "log". C'est donc une haplologie, la même syllabe constitue ainsi la fin d'un mot et le début d'un autre.

Il ya plein de mots valise dans la vie courante: motel (motorway hotel), modem (modulateur démodulateur, ou mouvement démocrate lol), codec (codeur décodeur), et même informatique (information automatique) ! Bon d'accord, il semblerait que le vocabulaire d'un geek soit plus riche en mots-valises que celui de monsieur tout le monde...

Pour plus d'infos: http://fr.wikipedia.org/wiki/Mot-valise

Journal d'une aventure

Coucou à tous !

Pour ceux qui ne le savent pas encore, je vais donc faire un stage dans le laboratoire de Tony de Tomaso à Hopkins Marine Station à Pacific Grove. Pacific Grove est une petite bourgade d'environ 20 000 âmes au bord de l'océan pacifique, juste à côté de Monterey, au sud de la baie de Santa Cruz (100 miles au sud de San Francisco). Vous pensez à Monterey avec son aquarium, son festival en 1967 avec Janis Joplin, The Who, Otis Redding, Simon and Garfunkel, etc ? Oui c'est bien ça !

Un petit mot sur le sujet de mon stage... Je vais étudier l'alloreconnaissance chez Botryllus schlosseri, un Urochordé. Les Urochordés sont des animaux très bizarres: ce sont des Chordés (collagène, système nerveux à synapses chimiques, symétrie bilatérale, gastrulation conduisant à 3 feuillets embryonnaires, gènes Hox, squelette interne, tube nerveux formé par invagination du neurectoderme, plan d'organisation caractéristique des Chordés, j'en passe et des meilleurs) mais qui ont perdu bcp de caractères morphologiques par la suite. Donc quand on regarde la bestiole ça ressemble vaguement à une éponge... Mais il n'en est rien! Une petite image: 1.corps, 2.tunique, 3. siphon inhalant buccal, 4.siphon exhalant, 5.pharynx, 6.fente respiratoire, 7.estomac, 8.cloaque ou atrium, 9.cavité péribranchiale, 10.endostyle, 11.glandes reproductrices, 12.ganglions nerveux. http://pagesperso-orange.fr/gonzales.manuel/

Cette bestiole se reproduit clonalement pour former des colonies d'une dizaine d'individus génétiquement identiques qui partagent leur système vasculaire. Quand deux colonies entrent en contact, il y a une alloreconnaissance médiée par des homologues des molécules de MHC. Soit les allèles sont identiques et il y a fusion des colonies qui partagent alors leur système cardiovasculaire, soit il y a inflammation et rejet. Je vais étudier par RT-qPCR l'expression des gènes impliqués au cours du processus.

Je suis très excité à l'idée de partir ! Moi qui ai fait timidement ma première excursion à l'étranger l'été dernier, cette expérience risque d'être riche: la recherche aux Etats Unis, la culture américaine et plus particulièrement californienne, etc. Plein de questions se posent à moi: vais-je être bien accueilli, moi, pauvre français ? est-ce que la nourriture ne va pas être trop dégueulasse ? le vin sera-t-il bon ? Tout ceci me donne envie de vous faire partager cette expérience.

Sur ce, je vous dis à très bientôt, merci d'avoir lu jusque là, lol.